Η Γλουταμίνη είναι ιδιαιτέρως απαραίτητη για την φυσιολογική λειτουργία του εντέρου επειδή τα κύτταρα του εντερικού βλεννογόνου αναπλάθονται χρησιμοποιώντας την γλουταμίνη ως κύρια πηγή ενέργειας. Γι αυτό το λόγο, μεταξύ των 20 αμινοξέων, η γλουταμίνη, συχνά αναφέρεται από τους γιατρούς και ως ‘επιδιορθωτής του εντέρου-gut restorer’. Για τον λόγο αυτό η γλουταμίνη συνίσταται κυρίως σε περιπτώσεις διαταραχής της ακεραιότητας του εντερικού τοιχώματος (όπως σε καταστάσεις διαταραχής της ισορροπίας της εντερικής χλωρίδας ή σε ορισμένες χρόνιες παθήσεις που συνοδεύονται από διαταραχές της φυσιολογικής εντερικής λειτουργίας).

Συχνά χρησιμοποιείται για αποκατάσταση από τους αθλητές, καθώς μεγάλες ποσότητες γλουταμίνης αποθηκεύονται στους μυς όπου παίζει σημαντικό ρόλο στην επιδιόρθωση και στην κατασκευή νέων μυών. Η έντονη προπόνηση μπορεί να εξαντλήσει τις αποθήκες της γλουταμίνης γι αυτό και ένα συμπλήρωμα μπορεί να επιταχύνει την αποκατάστασή τους.